马祖酒厂成立于1956年，位于南竿乡复兴村牛背岭山脊，以高粱大曲酒为主要产品。马祖各种名酒皆引山坡附近之甘泉酿酒，井泉水质甘美，品质精纯，所酿醇酒味芬香馥烈，属上品，而陈年老酒必须存放至阴冷的山洞坑道中二年以上才能销售，是福州风味十足的酒种，厂内规划设置有展示室及多媒体简报，游客可前往参观。
马祖酒厂（现南竿厂）成立于1956年3月7日，原名是「中兴酒厂」隶属马祖战地政务委员会.创立之初，厂址设在复兴村（1994年已改建为酒厂库房），租用民舍，设备简陋，仍循土法酿酒。后经积极经营，不断研究发展创立，1969年择定复兴村208号位置扩建厂房，第二年10月10日迁建于现址，更名为「马祖酒厂」，陆续更新设备，始初具规模，产量逐年递增。1977年再次扩建厂房，增添设备，加强研究发展，积极吸取酿酒技术，发挥克难创业精神，逐年增产，以应市场所需。
南竿厂早年以酿造高粱酒、大曲酒、陈年老酒及各式纪念酒为主，1969年为拓展销路，研制万寿、延寿、风湿、黄龙、青春露等五种药酒，向行政院卫生署申请执照，经检验核准在台销售。1989年，研制云台古酒再制酒一种供销市场。
1983年设立马祖特产中心于台北市，供销各种马祖酒类，并与台湾酒公卖局协商将马祖酒纳入公卖系统，供销高粱酒，以维系酒厂的产能。
1992年战地政务终止，马祖酒厂脱离军方掌控，改隶连江县政府，供销公卖局高粱酒于1994年终止，酒厂采代工方式觅经销商代理销售业务，历年来代理商包括东宇、钧岱、国民国际、国铭、金百利、泰景、东顺兴、云台等公司协助代销。1999年起，由统一集团旗下世华企业公司取得总代理权，重新以新的品牌推出「八八坑道」系列高粱酒，由于营销广告有作用，打响了人气度，马祖酒品在台的销售，蒸蒸日上。
