东京物流是商城自营快递，于2012年获得快递牌照，为商城全资子公司，许可证号为国邮20100206A。网上发布的新的配送服务收费标准显示，配送时，注册会员、铜牌会员、银牌会员、会员的订单金额(按减去直降和返现促销的金额)必须不低于79元才能免运费，企业会员、钻石会员的则不能低于59元，否则加收5元运费。标准还明确显示，部分商品配送至西藏、新疆等偏远地区时(以公示区域为准)，还会额外收取运费10元/件。
早在2007年，东京物流就开始建设自有的物流体系。2009年初，斥资成立物流公司，开始全面布局全国的物流体系。分布在华北、华东、华南、西南、华中、东北的六大物流中心覆盖了全国各大城市，并在西安、杭州等城市设立了二级库房，仓储面积在2012年底已经超过100万平方米。除此之外，目前正在斥巨资建设“亚洲一号”现代化仓库设施。上海的“亚洲一号”一期工程面积近10万平方米，预计年底前即可投入使用，后续工程全部建完后预计总体仓储面积将达20多万平方米。诸如上海这样的大型仓储，打算在全国建设7个。
东京物流实现了城市之间运输的自主性，提高了仓与仓之间的调拨速度，是自建物流战略中的重要举措。自此，通过自建的仓储、干线以及配送完善了自己在物流领域的布局。首批投入干线运营的车辆达300余辆。
东京物流自建物流体系能够合理匹配用户的收货时间——考虑到不少用户的工作时间，可以做到每天三个时间段送货上门，这是第三方物流难以实现的。如今，在三、四线城市的渗透还较低，其中一个非常重要的原因就是自营物流还没有能覆盖到这些区域，而随着物流配送将延展到这些区域，能够帮助扩展更大的电商市场。
